ニャンポ魚

ニャンポうお

やや公共性のあるメモ。泥臭い実験生物学を、ICTの力でちょっとでも効率的にやりたい。

2020-01-01から1年間の記事一覧

Open Field Tests の座標データ群から中央滞在時間と総移動距離を計算してまとめるPythonコード

このコードは DuoMouse*1 *2というトラッキングソフトが吐き出す動物の座標データから、Open Field Test におけるTime in Center と Total Travel Distance を算出し、同時にファイル名から個体の属性を読み取って、csvファイルにそれらデータをまとめて出力…

Anaconda + Jupyter notebook で openslide-python を使う

openslide-python は主に whole slide image *1 を扱うためのライブラリらしい。 openslide.org 問題1: pip install openslide-python に失敗する エラーの概要 OS は Windows10 https://openslide.org/download/#windows-binariesから openslide-python の…

VOS viewer で学術文献どうしの関係を可視化する

VOSviewer - Visualizing scientific landscapes https://www.vosviewer.com/ 概要 学術文献どうし、および著者どうしの関係によって形作られるネットワークを、引用や共著を指標として可視化するソフト。 総説論文を読む、みたいなスタンダードな方法とはち…