ニャンポ魚

ニャンポうお

やや公共性のあるメモ。泥臭い実験生物学を、ICTの力でちょっとでも効率的にやりたい。

神経科学

Open Field Tests の座標データ群から中央滞在時間と総移動距離を計算してまとめるPythonコード

このコードは DuoMouse*1 *2というトラッキングソフトが吐き出す動物の座標データから、Open Field Test におけるTime in Center と Total Travel Distance を算出し、同時にファイル名から個体の属性を読み取って、csvファイルにそれらデータをまとめて出力…

2019年度版、神経科学に関係するノーベル賞受賞者まとめ

気がついたら2019年度のノーベル生理学医学賞がもう出ていたので、便乗というのにももう遅いが、この機会にノーベル賞受賞者一覧でも眺めてみるかという気分になった。 せめて近い分野の受賞くらいはおさえておいたほうがよいのではないかという気持ちで、そ…

動物行動のトラッキングソフトを使いくらべてみる

試したもの UMA Tracker Tracktor DeepLabCut UMA Tracker UMATracker http://ymnk13.github.io/UMATracker/ 良かった点 完全にGUI 画面にかけるフィルターをカスタマイズするだけなので、いじるパラメタが少ない 開発者が日本人なので公式ドキュメントが日…