ニャンポ魚

ニャンポうお

やや公共性のあるメモ。泥臭い実験生物学を、ICTの力でちょっとでも効率的にやりたい。

行動解析

Open Field Tests の座標データ群から中央滞在時間と総移動距離を計算してまとめるPythonコード

このコードは DuoMouse*1 *2というトラッキングソフトが吐き出す動物の座標データから、Open Field Test におけるTime in Center と Total Travel Distance を算出し、同時にファイル名から個体の属性を読み取って、csvファイルにそれらデータをまとめて出力…

動物行動のトラッキングソフトを使いくらべてみる

試したもの UMA Tracker Tracktor DeepLabCut UMA Tracker UMATracker http://ymnk13.github.io/UMATracker/ 良かった点 完全にGUI 画面にかけるフィルターをカスタマイズするだけなので、いじるパラメタが少ない 開発者が日本人なので公式ドキュメントが日…