ニャンポ魚

ニャンポうお

やや公共性のあるメモ。泥臭い実験生物学を、ICTの力でちょっとでも効率的にやりたい。

Anaconda + Jupyter notebook で openslide-python を使う

openslide-python は主に whole slide image *1 を扱うためのライブラリらしい。 openslide.org

問題1: pip install openslide-python に失敗する

エラーの概要
解決策
  • pythonのバージョンが 2.7 の環境を activate
  • そちらで同様にインストールを試みると成功

問題2: Jupyter notebook で python2 を動かせない

問題3: import openslide が効かない

*1:スライドガラスまるごと、プレパラートの全体をスキャンした画像